Az élelmiszerekben előforduló kórokozó baktériumok, indikátor baktériumok, élesztő- és penészgombák vizsgálata fontos az élelmiszer higiéniai állapotának felmérésében. Ezek a vizsgálatok beépíthetők a HACCP rendszerekbe, amelyek kötelezőek az élelmiszeripari létesítmények számára.